Por tanto, a auga subterránea que alimenta e satura acuíferos, que a su vez alimentan manantiais e rios cando non chove, resulta de restarlle ao que chove, a escorrentía e evaporación. A diferenza é entón a auga dispoñible en pozos e acuíferos que, como se verá, supón a alimentación de mananciais e ríos cando non chove. A zona de incorporación da auga dende a superficie do solo en contacto coa atmosfera ata a parte superior do acuífero e do pozo descríbese bastante ben apoiándose nas tres subzonas:
Con todo, hai acuíferos que non se recargan. Chámanse acuíferos fósiles e fórmanse cando o clima dunha rexión torna máis árido, de maneira que xa non hai chuvia que os recargue. En Libia e en California hai acuíferos deste tipo, e é moi perigoso depender deles porque, cando se esgotan, a rexión queda sen auga; se a poboación medra, o problema pode ser difícil de resolver, tal e como se verá no cápitulo 7.
Como se irá vendo, a sobreexplotación e contaminación dos acuíferos supoñen importantes impactos e riscos, tanto para a cantidade como para a calidade da auga. Por iso urxe a xestión de forma sustentable da auga dos acuíferos, para o que é esencial equilibrar as extraccións de auga coa capacidade de recarga do acuífero.
Por exemplo, pensemos nunha zona de cultivo de regadío. Durante o inverno hai choiva abundante, que non é utilizada polas plantas, xa que non están crecendo e non transpiran. Como vimos, parte desta auga da choiva escorre pola superficie e parte infíltrase no solo, almacenándose no solo e no acuífero. Sabendo a cantidade que se almacena cada ano no acuífero, poderemos extraela mediante bombeo para a rega no verán, porque ao inverno seguinte vólvese recargar o acuífero ata o seu nivel orixinal ao almacenarse de novo a auga. Deste xeito hai sempre auga dispoñible no acuífero para cando fai falla (época de rega), sen que se esgote o acuífero ou se creen problemas de sobreexplotación da auga. Agora ben, se durante o verán extraemos demasiada cantidade de auga e a choiva non é capaz de repoñela no inverno, cada vez baixará máis o nivel freático, o acuífero esgotarase e estarémolo xestionando dunha forma non sustentable. Por iso é importante ter presentes estes conceptos ao abordar a eficiencia e aforro das augas azuis de rego agrícola.
Outro impacto ambiental cada vez máis frecuente sobre os acuíferos é a súa contaminación, que non afecta á cantidade da auga pero si altera de forma significativa e frecuente a súa calidade.